Das Heimatmuseum präsentiert in sechs Stockwerken die Geschichte von Fischamend sowie Alltags- und Volkskultur der Bevölkerung im Laufe der Vergangenheit.

Im 1. Stockwerk sind u. a. archäologische Funde aus der Ur- und Frühgeschichte und der Römerzeit zu sehen. Auf dem Boden von Fischamend lag zur Zeit der Austria Romana das römische Kastell Aequinoctium. Neben einem Abriss der Kirchengeschichte beweisen die seit 1673 erteilten Privilegien zur Abhaltung von Jahr- und Wochenmärkten die wirtschaftliche Bedeutung Fischamends für diese Region. Die Fahne der Müllerzunft aus dem Jahr 1782 macht auf den Getreidehandel und die Mühlen an Fischa und Donau aufmerksam.

Im 2. Stockwerk wohnte bis in die neunziger Jahre des 19. Jahrhunderts der letzte Nachtwächter von Fischamend hier. In diesem Schauraum beeindruckt eine umfangreiche Münzsammlung. Die „Künstlerecke“ ist den Malern Franz Anton Maulpertsch, Jakob Emil Schindler und Heribert Potuznik gewidmet. Maulpertsch heiratete in Fischamend, Emil Jakob Schindler verbrachte seine Kindheit in Fischamend, Heribert Potuznik ist gebürtiger Fischamender.

Weiters sind historische Fotoaufnahmen vom Ort, dem Vereinsleben und der k. u. k. Militär-Aeronautischen Anstalt, alte Sportgeräte sowie Handarbeiten aus früheren Schulzeiten zu sehen.

Im 3. Stockwerk sind Bodenziegel zu sehen, die das Zeichen des Fisches tragen. Diese Ziegel wurden in Fischamend erzeugt. Die Ausstellungsstücke vermitteln einen guten Einblick in die Volkskunde. Zahlreiche Handwerksgeräte und alter Hausrat legen Zeugnis von verschiedenen Berufen und Gewerben ab, die in Fischamend ausgeübt wurden. Ein altes hölzernes Schankgitter und ein Gasthausschild zeigen, wie die einstigen Einkehrgaststätten beschaffen waren.

Im 4. Stockwerk sind alte bäuerliche Arbeitsgeräte, die im Fischamender Gebiet in Verwendung waren, zu sehen: Stalllaternen, Pferdegeschirr, Joch für Zugochsen, Pflüge, Sense, Sichel und vieles mehr.

Im 5. Stockwerk sind jährlich wechselnde Sonderausstellungen angebracht. Im Zentrum der 5. Ebene steht die handgefertige Turmuhr aus dem Jahre 1834, die zu den ältesten noch in Betrieb befindlichen Uhren in Österreich zählt. 1972 wurde die Turmuhr renoviert. Der Aufzug der Uhrgewichte, der früher von Hand erfolgen musste, wird nun von einem Motor übernommen.

Im 6. Stockwerk befindet sich die Glockenstube mit dem hölzernen Glockengestühl, das nur mehr eine Glocke aus dem Jahre 1833 besitzt. Die zweite Glocke musste in Kriegszeiten gegen eine halbe Metallgasflasche getauscht werden.